通過Martin Christ冷凍乾燥技術保存,
以利土壤微生物群落樣品之NGS (next generation sequencing)
分析

土壤樣品中的微生物群落保存,是分子研究中一個具有挑戰性技術。
需要在不同的採集地,並有專門的樣品存儲、化學品與標準的核酸萃取設備。
一個標準取樣程序,特別是在處理RNA時,應立即在液氮中速凍土壤並在-80°C下保存直至進一步處理。在此情況下,依靠冷鏈可運輸數百個土壤樣品,但相對的運輸費用很高。
在這項研究中,分別將採集樣品,通過Martin Christ冷凍乾燥技術,隨後在4°C或室溫下的短期存儲,比對土壤樣品直接進行冷凍至-80°C直接存儲二者之微生物群落 ( 細菌與真菌 ) 狀況。
 
重要發現
經冷凍乾燥技術後存放在4°C或室溫至七天,細菌群落的rDNA與rRNA只有些微減少。而真菌群落的rDNA與rRNA並無顯注的變化。
 
結論
結果指示,土壤的微生物樣採樣後計應立即進行冷凍乾燥,可實現減少運輸費用並完整的樣本保存。
冷凍乾燥是通過凍結樣品中的水至結冰,再通過真空乾燥應用將冰昇華。土壤中的核酸易於微生物核酸分解酶(Antheunisse)降解。水經由冷凍乾燥去除後,阻止了分子擴散,同步降低的酶活性。冷凍乾燥過程是無毒的,樣品在運輸過程中不需要溫度控制,並重量減輕,不存在液態氮溶液洩漏的風險,並且可減滅樣品活性。冷凍乾燥機在工業和科學領域有廣泛的應用。
Reference
Weißbecker, C., Buscot, F., & Wubet, T. (2017). Preservation of nucleic acids by freeze-drying for next generation sequencing analyses of soil microbial communities. Plant Ecology, 10, 81-90. doi:10.1093/jpe/rtw042


了解這項技術的相關儀器
觀看其他儀器