使用 FlowCam Macro 研究浮游動物

-與Kathryn Cook博士的訪談紀錄-

 

1. 前言:
 

浮游動物在海洋和淡水環境食物鏈中扮演著重要的角色,所以一直以來浮游動物群落結構的變化被作為環境或人為影響水質的重要指標,可以說研究這些微小的水生微生物對於我們來說至關重要。

日前,我們與浮游動物生物學和大洋生物地球科學家 Kathryn Cook 博士進行了一場訪談,希望藉此了解 FlowCam Macro 是如何幫助了她的研究。Cook 博士目前是英國埃克塞特大學的計畫研究專員,並已在威爾斯斯旺西大學(University of Swansea in Wales)完成了她的浮游動物生態學博士學位。

在此再次感謝 Cook 博士願意分享她使用 FlowCam 的經驗以及它所帶來的好處。

 

2. 為何您當初會想選擇這個領域作為研究目標呢?
 

浮游動物讓我著迷,它們在地球生態系中數量豐富且樣貌萬千,扮演著舉足輕重的角色,然而對大多數的人來說,他們僅僅了解於此但未曾見過其真實樣貌。

作為一名喜歡親身實踐的科學家,我喜歡在實驗室裡工作,但同時也喜歡參加研究航行。最近,我才剛從一次為期六周的航行中回來,這次航行從南大西洋的福克蘭群島出發,一直航行到北大西洋的南安普敦,一路上對浮游動物進行採樣。

這次航行是 “Mission Atlantic” 計劃的一部分,該計劃由歐盟資助,致力於對大西洋海洋生態系統的現狀和未來進行調查和評估,以監測氣候變化。

能夠為這項重要工作作出貢獻,我感到十分光榮!

 

3. 您是怎麼認識 FlowCam 設備的?
 

我清晰地記得在2016年,在挪威卑爾根舉行的浮游動物生產研討會上,我第一次看到 FlowCam Macro 的機能展示。因為在傳統顯微鏡下分析浮游生物樣品常常會花費我很多時間,所以當我看到 FlowCam Macro 可以快速地拍攝樣品並且擁有如此出色品質的圖像時我感到非常驚訝!

更加驚喜的是,我在2017年去南安普敦的英國國家海洋中心(NOC)工作時,他們剛好購買了這樣一台設備。

 

4. 在使用 FlowCam 之前您是使用甚麼技術做浮游生物的研究呢?
 

在使用 FlowCam 之前,我都是用顯微鏡來檢查浮游動物和浮游植物。每次拍攝樣品都至少需要半天的時間,而如果我需要使用目鏡用標準片來測量有機體,則需要更長的時間。但縱使我花費了這麼多時間,我也只能測量樣品的長度和寬度,若想要得到品質較佳的影像,還需要另外先將樣品沉降24小時才能進行分析。

 
FlowCam 設備解決了對樣品需要進行預沉降的需求,將分析時間大大縮短,從本來幾天的時間減少到數分鐘,並為我提供了高解析度的圖像和形狀參數,可以幫助我區分活和死細胞並進行分類。在使用FlowCam之前,我們的Coulter計數器只能提供細胞數量,但無法提供形狀數據,所以,我們無法區分健康的浮游植物細胞和碎屑/空白細胞。

圖一、(左)Haloptilus sp. 的 FlowCam 圖像(右)Haloptilus sp. 的手動顯微鏡圖像。

 

5. 總得來說,FlowCam 是如何幫助您的研究之路?

生物的大小和形狀可以用來推算其生物代謝率以及對生態系統的能量流影響,大多數生態系統模型會將浮游生物區分為不同的大小和功能,FlowCam 為每個顆粒提供了多種大小測量,使我們能夠構建浮游生物群落的分類依據。
 

我的許多研究都聚焦於分類浮游生物群體內的生物大小和數量,我們使用 FlowCam Macro 來快速分析保存的浮游動物樣品,獲得大小和粗略的分類信息,我使用一個標準的、基於大小的分類模板將樣品分類為粗略的大小類別,有效地將生物分類為近似的群體,然後我再手動對那些需要重新分類的樣品進行排序。

 

FlowCam 為我們保存了樣品的測量記錄,減少了實驗室內存放保存的浮游動物樣品所需的物理空間,並使我們能夠在辦公室等舒適的環境裡自由地進行樣品分類分析。況且,教導某人如何使用 FlowCam 來運行樣品要比教導他們使用顯微鏡識別浮游生物樣品來得簡單多了。

 

6. 有沒有一些研究上的阻礙是通過使用 FlowCam 幫您解決的呢?
 

FlowCam 大大減少了我們的分析時間並節省了大量的儲存空間。浮游植物樣品以前總是佔據了很多空間,FlowCam 的簡化工作流程讓我可以在更短的時間內執行更多的計畫項目,每個學生也都可以獨立進行樣品分析,對我來說,也可以更輕松地檢查他們的工作,在判別生物類別時相比手動顯微鏡檢查的主觀性更小,讓我們對數據更有信心!

 

7. 使用了 FlowCam 後有改善您的研究工作流程嗎?
 

我們的 FlowCam 儀器增加了我可以分析的樣品數量和從每個樣品中獲得的訊息量,並提供了樣品的永久資訊記錄以及生物體的分類濾片功能。這使得研究流程變得更加容易,同時,這也使得學生進行分析變得更容易,因為我可以在最終數據分析之前檢查和更正所有內容。



圖二、Mission Atlantic 科學家小組在研究船上進 行Mammoth 網的部署,Cook 博士穿著白色頭盔,位於左側的位置。
 

8. 結語
 

最後,我們十分感謝 Cook 博士願意分享她的寶貴經驗!

使用 FlowCam 進行常規採樣為科學家提供了一種快速且具有數據再現性的方法,可以用來測量和描述浮游生物群落,以進一步深入了解有害藻類爆發的可能性、食物鏈關係和其他環境現象。


圖三、傳統儀器與 FlowCam 顯微鏡比較
 
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